Avant MySQL 5.1, une compilation des sources incluait le moteur de stockage InnoDB par défaut. Depuis MySQL 5.1, il est nécessaire de le préciser les moteurs de stockage à compiler grâce au paramètre "--with-plugins" :
--with-plugins=PLUGIN[[[,PLUGIN..]]] Plugins to include in mysqld. (default is: none) Must be a configuration name or a comma separated list of plugins. Available configurations are: none max max-no-ndb all. Available plugins are: partition daemon_example ftexample archive blackhole csv example federated heap ibmdb2i innobase myisam myisammrg ndbcluster.